ПРИКЛАДНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Молекулярная комплексность генетических систем: биохимические механизмы и регуляторные сети

Авторы

  • Юй Фэнли Институт философии Хэйлунцзянского университета
  • Чжан Бэньсян Институт философии Хэйлунцзянского университета

Как цитировать

ГОСТ Фэнли Ю., Бэньсян Ч. Молекулярная комплексность генетических систем: биохимические механизмы и регуляторные сети // СТРОИТЕЛЬНЫЕ И ДОРОЖНЫЕ МАШИНЫ. 2025. Т. 69. № 3. С. 143-157.
APA Фэнли, Ю. & Бэньсян, Ч. (2025). Молекулярная комплексность генетических систем: биохимические механизмы и регуляторные сети. СТРОИТЕЛЬНЫЕ И ДОРОЖНЫЕ МАШИНЫ, 69(3), 143-157.

Аннотация

В данном исследовании представлен комплексный анализ современного понимания генетических систем с акцентом на молекулярные механизмы регуляции и сетевые взаимодействия. На основе интеграции данных крупномасштабных проектов (ENCODE, The Human Cell Atlas) и последних достижений в области молекулярной биологии (2020-2023) проведен систематический анализ четырех ключевых аспектов: структурно-функциональной организации генов, архитектуры регуляторных сетей, механизмов генетических переключателей и эпигенетической регуляции. Исследование демонстрирует, что около 80% генома человека функционально активно, причем значительная часть этой активности связана с регуляторными элементами, а не кодированием белков. Анализ регуляторных сетей выявил наличие более 4000 регуляторных мотивов, участвующих в контроле экспрессии генов, при этом около 60% этих модулей консервативны у позвоночных. Особое внимание уделено роли эпигенетических механизмов: метаанализ более 1000 эпигеномов идентифицировал свыше 2 миллионов регуляторных элементов, подверженных эпигенетической модификации. Установлено, что нарушения в работе генетических переключателей ассоциированы примерно с 30% известных генетических заболеваний. Результаты исследования поддерживают концепцию «расширенного синтеза» в эволюционной биологии, подчеркивая равную значимость процессов естественного отбора, самоорганизации и эпигенетического наследования в эволюции генетических систем. Полученные данные имеют существенное значение для развития персонализированной медицины и разработки новых терапевтических стратегий.

Ключевые слова

генетические системы регуляторные сети эпигенетическая регуляция генетические переключатели молекулярная самоорганизация транскрипционные факторы геномная архитектура биоинформатический анализ системная биология функциональная геномика.

Библиографические ссылки

Barski A., Cuddapah S., Cui K. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome // Cell. 2007. № 129(4). рр. 823-837.

Bonev B., Cavalli G. Organization and function of the 3D genome // Nature reviews genetics. 2016. №17(11). рр. 661-678.

Creyghton M.P., Cheng A.W., Welstead G.G. Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state // Proceedings of the National Academy of Sciences. 2010. № 107(50). рр. 21931-21936.

Dobin A., Davis C.A., Schlesinger F. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics. 2013. № 29(1). рр. 15-21.

ENCODE Project Consortium. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome // Nature. 2012. № 489(7414). рр. 57-74.

Hansen A.S., Cattoglio C., Darzacq X., Tjian R. Recent evidence that TADs and chromatin loops are dynamic structures // Nucleus. 2018. № 9(1). рр. 20-32.

Kopp F., Mendell J.T. Functional classification and experimental dissection of long noncoding RNAs // Cell. 2018. № 172(3). рр. 393-407.

Lambert S.A., Jolma A., Campitelli L.F. The Human Transcription Factors. Cell. 2018. № 175(2). рр. 598-599.

Langfelder P., Horvath S. WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis // BMC Bioinformatics. 2008. № 9. Р. 559.

Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 // Genome biology. 2014. № 15(12). Р. 550.

Quinn J.J., Chang H.Y. Unique features of long non-coding RNA biogenesis and function // Nature reviews genetics. 2016. № 17(1). рр. 47-62.

Rao S.S., Huntley M.H., Durand N.C. A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping // Cell. 2014. № 159(7). рр.1665-1680.

Roadmap Epigenomics Consortium. Integrative analysis of 111 reference human epigenomes // Nature. 2015. № 518(7539). рр. 317-330.

Schmitt A.D., Hu M., Ren B. Genome-wide mapping and analysis of chromosome architecture // Nature reviews molecular cell biology. 2016. № 17(12). рр. 743-755.

Yue F., Cheng Y., Breschi A. A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome // Nature. 2014. № 515(7527). рр. 355-364

Опубликован

2025-03-30

Выпуск

Раздел

ПРИКЛАДНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Метрики

615 просмотров
0 скачиваний
Хотите опубликоваться?
Подать статью

Машиночитаемые метаданные

Похожие статьи

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 > >> 

Вы также можете начать расширеннвй поиск похожих статей для этой статьи.